הסיבה הנפוצה ביותר לביצוע טרכאוסטומיה היא הנשמה מלאכותית ממושכת (באמצעות צינור הנשמה דרך הפה המכונה טובוס). לרוב, מדובר בחולים הסובלים ממחלות מורכבות, שמסיבות שונות לא ניתן לגמול אותם ממכונת ההנשמה למשך תקופה ארוכה יותר מ-7-10 ימים. פיום קנה מאפשר הוצאת צינור ההנשמה מהפה והעברתו לצוואר, וכך ניתן להעיר את החולה מההרדמה ולהתחיל בתהליך שיקום.
סיבות נוספות לביצוע טרכאוסטומיה קשורות למצבי חירום של חסימה בדרכי הנשימה העליונות. מדובר במקרים של תגובה אלרגית הגורמת לבצקת בגרון, חבלה לפנים ולצוואר, זיהומים במכסה הגרון (אפיגלוטיס) חסימה על ידי גוף זר, וכן מצבים כמו שיתוק או קיבוע של שני מיתרי הקול, היצרות הקנה והגרון, וכן גידולים מתקדמים באזור הגרון.